Perguntado sobre o ProUni, criado por seu oponente Fernando Haddad, quando estava no Ministério da Educação, José Serra desdenhou, querendo reduzir a importância do programa. Disse: "É um programa de bolsas, nada mais. Não sou contra, mas está longe de ser uma inovação. Em São Paulo já tinha isso. Eles apenas fizeram algo mais massivo e com desconto de impostos. Cada bolsa é um gasto. Diminui receitas do governo".
O tucano está errado: cada bolsa é um INVESTIMENTO. Além do aspecto social, que já proporcionou curso superior a mais de 1 milhão de jovens brasileiros de renda mais baixa, há também o investimento no que os economistas chamam de capital humano, que toda nação que quer ser desenvolvida precisa formar.
E o programa não diminui receitas do governo. Ele converte a receita de impostos que as faculdades privadas tem que pagar em mais educação. Com isso, conseguiu aproveitar vagas ociosas que haviam disponíveis nas faculdades privadas, preenchendo-as com alunos bolsistas a um custo muito baixo para o governo. Em paralelo a isto, a rede de Universidades públicas federais foi ampliada.
José Serra aliou-se ao DEM nestas eleições. É o partido que, quando ainda se chamava PFL, entrou com uma ação na Justiça contra o ProUni. Para felicidade geral da nação, o DEM perdeu no STF e o ProUni continua colocando jovens brasileiros de baixa renda na Universidade.