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Instituições privadas sem fins lucrativos – como as Associações de Pais e Amigos dos Excepcionais (Apaes) – que oferecem atendimento educacional especializado para alunos tiveram recursos cortados durante a gestão do tucano Alckmin no governo de São Paulo (2003-2006).
Mais de R$ 12 milhões previstos, entre 2004 e 2006, não foram aplicados em educação a alunos com deficiência e foi descumprida a meta de ampliar o número de atendimentos em 18% - 42.863 crianças deixaram de obter benefício. Nos Orçamentos de 2003 a 2006 a previsão de atendimento era para 239.925 crianças. O governo estadual, no entanto, cumpriu apenas 197.062.
A gestão Alckmin caminhou no sentido contrário à política de inclusão do governo federal, que aumentou o repasse de recursos federais destinados a melhorar as condições das instituições especializadas em alunos com deficiência. O Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica (Fundeb) passou a contar em dobro as matrículas das pessoas com deficiência que estudam em dois turnos, sendo um na escola regular e outro em instituições de atendimento educacional especializado.
Este ano, o valor total repassado por meio do Fundeb ao atendimento educacional especializado em instituições privadas será de R$ 293.241.435,86. Em 2009, foram encaminhados R$ 282.271.920,02. O número de matrículas atuais nessas unidades conveniadas é de 126.895.
Além disso, o Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) envia recursos às instituições filantrópicas para merenda, livro e aqueles originários do Programa Dinheiro Direto na Escola (PDDE). Nos últimos três anos, foram repassados R$ 53.641.014,94 destinados a essas ações.